公元前年，建立了波斯帝国的一代伟大君主居鲁士二世去世，其长子冈比西斯承袭父业，史称冈比西斯二世。但与居鲁士的性格以及施行的统治政策不同，在他短暂的统治生涯可以说表现得非常残暴，与仁君相去甚远，对于波斯来说，他最显著的功绩只能算继承了其父的征服之志，实现了对埃及的征服，成为法老王，使昔兰尼加和利比亚臣服，将帝国的版图进一步扩大，以及从巴比伦祭司手中接过了象征王权的神权标，成为合法的巴比伦王。
远征埃及
冈比西斯作为王储从小就接受了严格的训练，他曾跟随父亲东征西讨，学习行军打仗的实践技巧和治国理政的经验，他非常敬佩父亲居鲁士，渴望建功立业开疆拓土，因此，一直在等待机会进攻曾经强大的埃及。
冈比西斯二世继位时埃及的法老为阿赫摩斯二世，他原先为阿普里伊的大臣，出身平民。阿普里伊统治时期曾出兵保护犹大王国，但最终犹大王国还是被新巴比伦王国的尼布甲尼撒二世彻底征服，他还曾派遣军队征服利比亚人的居住地并远征昔兰尼加，派军攻打西顿，并和推罗的国王发生海战，后来又派大军去打库列涅，但吃了非常多的败仗，引发了国内对他统治的严重不满，人们渴望出现一个安稳统治埃及的法老出现。公元前年，埃及发生军事政变，阿里普伊被驱逐，在军队的拥立下，口碑好的阿赫摩斯趁机夺取政权，成为了法老王，史称阿赫摩斯二世。
阿赫摩斯二世虽然出身平民，但却非常有智慧，面对看不起他的埃及贵族，他运用自己的智慧让他们心悦臣服，以礼相待，让臣民尊敬重视他。阿赫摩斯二世还是一个勤于政事，热衷于敬奉神明的法老，在他统治期间与希腊建立了友好的往来关系，使埃及逐渐变得富强繁荣，这一时期尼罗河水的定期泛滥也使土地变得非常肥沃，粮食大丰收，使百姓得以安居乐业，这势必会引起新崛起波斯帝国的虎视眈眈。
阿赫摩斯二世收服的塞浦路斯被波斯占领冈比西斯二世身边有一个来自埃及的医生，是他向阿赫摩斯二世求来的，但这个医生到波斯却是被强制送过去的，变得妻离子散身处异乡的他对阿赫摩斯二世非常怨恨。他知道阿赫摩斯二世有一个非常疼爱的独生女，但肯定不舍得让她远嫁，于是向冈比西斯二世进言，说埃及法老王有一个非常漂亮的女儿，可以派人去埃及求亲，娶她做妃子，他想利用这其中的矛盾激化埃及和波斯的矛盾，使他们成为敌人。果不其然，冈比西斯二世并不娶埃及的公主做皇后，只想让她成为普通的妃子，而阿赫摩斯二世也非常烦恼，他既不想女儿远嫁，又害怕得罪强大的波斯，不敢拒绝求亲，在一番苦想后，终于想起王宫里还有一位前朝留下的公主，于是在一番晓明利害的劝说下，让这位公主装扮成他的女儿远嫁到波斯。
但阿赫摩斯二世没想到的是，事情最终还是败露了。在公主尼特缇丝与冈比西斯二世同房时叫埃及公主真正的名字，但她却没反应过来，最终只能将真相全部说出。私认为那位医生肯定是发现公主被调换了，并将真相早就告诉了冈比西斯二世，但一方面因为还不是进攻埃及的时机，另一方面她确实是埃及的公主，而且非常漂亮，所以冈比西斯二世未直接戳穿，忍住了被欺骗的怒火，待到时机成熟，终于趁公主放松警惕下揭露出真相，愤怒的他立即决定远征埃及。
大军开赴埃及必须穿过的地区这时与阿赫摩斯二世闹翻的希腊雇佣军首领哈利卡纳苏斯人法涅斯，一路被追杀，终于在灌醉守卫后投奔至波斯。经过4年的准备后，在各属国提供赋税和兵役，以及腓尼基人带领下建造船只下，建立了一支强大的海军，冈比西斯二世还招来了谋士们分析战局。但到达埃及尼罗河三角洲地区必须穿过叙利亚地区的沙漠地带和西奈半岛的荒漠，因此，冈比西斯二世采纳法涅斯建议，派使者向阿拉伯人请教渡过沙漠的方法，并与阿拉伯诸部落结成同盟，要求他们在波斯军路过西奈荒漠时提供水源。
阿拉伯人用骆驼运水支援波斯军曾经与埃及有往来的城市加沙并不愿意向冈比西斯二世借道，冈比西斯二世最终只能通过一场围城战强行渡过这里；公元前年，在阿拉伯人的协助下，冈比西斯二世率大军通过西奈荒漠，到达尼罗河三角洲地带，而此时，阿赫摩斯二世早已经在6个月前去世，他的儿子普萨美提克三世继位。这时出现了对埃及非常不利的局势，曾经在阿赫摩斯二世统治时期，通过与塞浦路斯城邦结盟，在僭主波利克拉特斯支持下埃及拥有了腓尼基舰队，但这时波利克拉特斯因为埃及贵族策划的阴谋转变了立场，还向波斯提供了舰队，而法涅斯也掌握着希腊雇佣军和埃及军队的大量情报。
波斯大军向埃及进攻愤怒的普萨美提克三世将法涅斯留在埃及的两个儿子杀死为军队壮行，但还是没有摆脱兵败的局面，经过激烈的贝鲁西亚战役（据说是利用了埃及人崇拜的猫），埃及军队全面溃败，普萨美提克三世率军逃到孟菲斯。波斯大军势如破竹一路追击，在海陆两线进攻下，以及埃及海军将领乌加霍列森尼的背叛下，塞易斯城被攻陷，退守孟菲斯的普萨美提克三世眼看大势已去，只能选择投降，孟菲斯被占领，普萨美提克三世本人被俘虏。
有一种说法是埃及人本来是拒不投降的，想要和平接手富庶之城孟菲斯的冈比西斯二世决定派使者进城讲和，但埃及人肢解了前来言和的波斯使者及护送的士兵在内的人，震怒的冈比西斯二世发誓一定要让埃及人血债血偿。
在攻入孟菲斯城后，冈比西斯二世俘虏了普萨美提克三世儿子在内的与他相仿的0多名埃及贵族青年，以屈辱的姿态（类似于拴着的马）将他们牵到刑场；法老的女儿与其它贵族女青年们一样穿上奴隶的衣服打水，当女人们经过时，昔日的王公贵族们无不痛哭流涕，只有普萨美提克三世表现的非常平静，沉默不语；当那0多名青年经过时人们的哭声更大了，而普萨美提克三世却表现的心如死灰，视死如归；但当看到曾经一起饮酒作乐的非常富裕的朋友，在被洗劫后沦为乞丐的模样，并且还向波斯士兵祈求赏口饭时，普萨美提克三世终于忍不住放声大哭了，他拍打着自己的脑袋呼唤朋友的名字。
埃及人被俘虏在场的冈比西斯二世这时也开始动容了，惊讶的向普萨美提克三世询问，问他为什么在看到儿子女儿受苦没哭，而是看到一个乞丐哭了。普萨美提克三世回答，因为他儿子女儿的遭遇已经让他悲痛到无法哭泣，但当看到昔日曾经非常幸福的好友沦落至此，失去幸福和财富，将老了还要行乞，不禁引起了他的同情心。跟随波斯军远征的克洛伊索斯看到这里也不禁触景生情，想起了自己曾经的遭遇伊索寓言诞生的“黄金之国”吕底亚王国，为什么会被波斯消灭？，触景生情潸然泪下，冈比西斯二世这时动了恻隐之心，决定放过法老王一家子，但为时已晚，法老王的儿子已经被第一个处死了。
冈比西斯二世征服埃及本来按照居鲁士大帝留下的传统，普萨美提克三世虽然被俘虏至苏萨，但与克洛伊索斯一样，还是有自由的权利，完全有可能继续当埃及的国君，但不知是否是真的有策反之心，想过煽动埃及人起义，最终在被冈比西斯二世察觉后，强迫他喝牛血致死。对于普萨美提克三世的背叛和阿赫摩斯二世的欺骗，另冈比西斯二世一直心存芥蒂，他久久不能释怀。在攻下塞易斯城时，他就命令过士兵将当时已经下葬的阿赫摩斯二世的木乃伊拖出来，利用各种方法对尸体进行侮辱（鞭尸、拔头发、棒子击打），最终在泄愤后将尸体用火给烧了。
波斯拜火教但冈比西斯二世的这种做法，却同时触犯了埃及宗教传统，以及波斯祆教即拜火教的传统，前者认为火是野兽，被火化吞噬后就不能重生了，后者则认为火化是将尸体献给神，两个民族都对他进行反对和恶毒诅咒。当时的人们认为冈比西斯二世本可以活的更久，正是因为受到诅咒才患了癫痫病，导致变得疯狂残暴成性，影响了很多政策的实施，变得越来越疯狂的冈比西斯二世最终间接害死了弟弟巴尔迪亚，在一时暴怒下还杀死了已经怀孕的皇后（即亲妹妹），很多官员因为不经意的言语招来杀身之祸，最终他自己也神秘死亡，其实冈比西斯二世的疯癫与一直活在父亲居鲁士大帝的阴影下和嗜酒存在很大的关系。
癫狂的冈比西斯二世总之，在征服埃及全境后，昔兰尼加人、利比亚人、阿尔卡人确实是主动向冈比西斯二世投降的，还进献了贡品，他本人在巴比伦王之后，又被冠以埃及法老的称号，在结束战争后，他下令停止对埃及各城市的抢劫，命令士兵远离神庙，还向神庙进行了赔偿，为获得埃及人民的支持，他开始重用埃及贵族，让他们管理当地，尊重埃及的宗教和风俗，主动向埃及的神灵敬拜。至此，他的功绩可以说已经非常卓著了，但后面决定征服努比亚人的计划路线，确实是一次非常严重的冲动行为，再加上无心顾及帝国的统治，使得埃及和帝国其它行省变得动荡，政变和起义陆续发生，直到大流士一世的出现，经过一段时间的平叛帝国才得以重新稳定。